La antraquinona se encuentra en forma natural en algunas plantas (Ruibarbo, Espino cervel y el genero Aloe), hongos, líquenes e insectos, donde sirve como esqueleto básico para sus pigmentos.
Los derivados naturales de la antraquinona son glucósidos con acción laxante y purgante sumamente potente. En la terapéutica farmacológica, la antraquinona pertenece a la categoría de catárticos y se usan en la terapia contra el estreñimiento. Se encuentran en las vainas, raíces y semillas de diversas plantas como el sen, ruibarbo y la frangula.